Nacque nel 1330 a Nepomuk, in Boemia. Cominciò gli studi ecclesiastici nella città di Praga, e fu consacrato sacerdote dall'arcivescovo di quella città. Appena ordinato, si diede con zelo alla sacra predicazione e il re Venceslao lo volle come predicatore di corte. Non passò molto tempo che l'Arcivescovo, per dargli un premio, volle eleggerlo canonico della cattedrale e l'Imperatore lo propose alla sede vescovile eli Leitometitz. Spaventato il buon canonico di tanti onori e responsabilità, riuscì a persuadere il sovrano a ritirare la sua proposta.
La moglie di Venceslao, la piissima Giovanna di Baviera, conosciutolo, lo elesse per suo confessore e direttore di spirito. Però il re, corrotto, sospettava ch'ella gli fosse infedele e la tormentava spesso per conoscere se era vero ciò che esisteva solo nella sua mente. Il re deliberò di interrogare il suo confessore e farsi rivelare da lui, o per amore, o per forza, quanto la regina gli diceva in confessionale. Chiamato a sé Giovanni, lo interrogò e gli intimò di parlare per tre volte. Non riuscendo, ordinò ai suoi sgherri di gettarlo nel fiume Moldava. Nottetempo, onde non vi fosse pericolo d'una sommossa del popolo, venne condotto sul ponte della città e, tra il sesto ed il settimo pilastro (dove ancora una croce ricorda il delitto), venne gettato nella corrente. Era l'anno 1383.