Nativo di Duns in Scozia - da qui il soprannome Scoto, scozzese - Giovanni entrò giovane nell’Ordine francescano e, ordinato sacerdote dal Vescovo di  Lincoln, studiò  a Parigi, insegnò a Cambridge e commentò ad Oxford i Libri IV Sententiarum (testo di riferimento nelle facoltà di Teologia di allora e più tardi) di Pietro Lombardo, teologo del XII secolo.  
Di temperamento deciso e noncurante delle critiche, si rifiutò di firmare una petizione per deporre Papa Bonifacio VIII. Divenne “magister  regens” dello Studio Francescano, con il titolo di grande maestro di teologia, impegnandosi a combattere le teorie eretiche. Per questo può essere paragonato a San Tommaso d’Aquino e a San Bonaventura.